Hovedbestyrelsen har 13 medlemmer, som vælges af repræsentantskabet for 2 år ad gangen. I lige henholdsvis ulige år afgår efter tur 7 og 6 medlemmer. Kandidater kan opstilles af hovedbestyrelsen, repræsentantskabets medlemmer og grupper på mindst 30 medlemmer. Udtræder et medlem i valgperioden, foretages valg til den ledige plads for den resterende valgperiode på førstkommende repræsentantskabsmøde.

Hovedbestyrelsen har det overordnede ansvar for foreningens ledelse.

Hovedbestyrelsen fordeler selv opgaverne og vælger i den forbindelse selv sin formand og to næstformænd. Hovedbestyrelsen er beslutningsdygtig, når mindst 7 medlemmer er til stede. Afstemninger afgøres ved simpelt flertal, og hvis stemmerne står lige, er formandens stemme afgørende. Referat af møderne sendes til repræsentantskabets medlemmer.

Hovedbestyrelsen vælger et forretningsudvalg, som består af formanden, de to næstformænd og yderligere 1 eller 2 medlemmer af hovedbestyrelsen.

Hovedbestyrelsen ansætter en direktør, der i samarbejde med hovedbestyrelsens forretningsudvalg er ansvarlig for den daglige drift i foreningen.